Científicos UACh logran secuenciar genoma completo de nueva variante de SARS-CoV2
AUSTRAL-omics es parte del programa de Vigilancia genómica que lleva adelante el Ministerio de Ciencia, Tecnología, Conocimiento e Innovación junto al Ministerio de Salud, Instituto de Salud Pública y el Consorcio Chileno de Genomas CoV2.
El 22 de diciembre se informó que la nueva variante del virus SARS-CoV2, aparecida en Reino Unido, había sido detectada en Chile. Desde ese momento, científicos de todo el país comenzaron a trabajar en el desarrollo de un plan de vigilancia genómico que involucre al Ministerio de Salud y tenga el apoyo de los científicos y universidades del país. Dentro de este plan estratégico, fue al equipo de científicos de AUSTRAL-omics a quienes se les encomendó la secuenciación de la nueva variante arribada a Chile.
El Instituto de Salud Pública (ISP) comunicó recientemente que ya existen 15 infectados con esta variante, la cual ha sido identificada al menos como un 30% más contagiosa que las variantes antes conocidas. Según información del ISP, los casos se encuentran en las regiones Metropolitana, el Maule y Los Ríos.
El Ministro de Ciencia, Tecnología, Conocimiento e Innovación (MICITEC), Andrés Couve, indicó que, “desde el Ministerio se está implementando un programa de vigilancia genómica, junto al Instituto de Salud Pública, MINSAL y una red de universidades, donde estamos secuenciando el virus”.
Secuenciar el virus
La Universidad Austral de Chile a través de AUSTRAL-omics, Unidad de Innovación en Biotecnología, dependiente de la Vicerrectoría de Investigación, Desarrollo y Creación Artística UACh, es parte del programa de Vigilancia Genómica que está implementando el MICITEC, dado que cuenta con el equipamiento y la experiencia científica para apoyar en esta importante tarea de vigilancia.
La Dra. Andrea Silva, Directora Ejecutiva de AUSTRAL-omics, indicó que, “a nivel científico, estamos preocupados por conocer la diversidad que tiene el virus en el país y no solo si está presente la variante de Reino Unido. El genoma viral sufre mutaciones azarosas constantemente, y mientras más personas presentan la enfermedad, más aumenta el número de copias virales, y cada vez que el virus se replica en una célula humana, le damos una nueva posibilidad para que mute”.
Silva agrega sobre el comportamiento del virus que, “es importante monitorear estas mutaciones, dado que estos cambios pueden hacer que se modifique el comportamiento viral, variando por ejemplo su tasa de infectividad, su grado de severidad, así como también se pudiera afectar la secuencia de los genes que se utilizan en las pruebas PCR para la detección y diagnóstico de COVID-19”.
Un ejemplo de esto es la relevancia epidemiológica que tienen nuevas variantes detectadas recientemente en Brasil y Sudáfrica. De esta misma forma, nuestro país también puede ser fuente de variantes a exportar, y solo una vigilancia genómica preventiva nos permitirá identificar tempranamente mutaciones que deben ser estudiadas para conocer el efecto que tienen en el virus mismo y por tanto en su comportamiento en el humano.
El trabajo de secuenciación del genoma del virus estuvo a cargo de los bioquímicos Luis Guzmán y Carolina Encina, con ayuda de la biotecnóloga Rocío Paleo. El ensamble del genoma y análisis quedó a cargo del ingeniero bioinformático Cristian Molina.
“La muestra clínica de hisopado nasofaríngeo fue procesada inicialmente en el laboratorio de bioseguridad nivel 2 de la Facultad de Medicina de la UACh para la extracción del genoma. Luego, los procesos de estandarización, preparación y secuenciación del genoma fueron realizados en el Laboratorio de Genómica de AUSTRAL-omics durante los primeros días de enero. La estandarización del protocolo de secuenciación del genoma fue extenso y laborioso, trabajamos varios días hasta altas horas de la madrugada, pero ese trabajo nos permitirá reducir los tiempos de las secuenciaciones genómicas futuras”, detalló Luis Guzmán.
Carolina Encina indicó que, “dada la geografía de nuestro país, es importante contar con laboratorios como el nuestro a lo largo del territorio para acceder de manera oportuna a este tipo de análisis. La rapidez del análisis cobra mayor relevancia con este virus, ya que su genoma es de RNA, molécula altamente susceptible a degradación, razón por la cual se utilizan medios de transportes específicos y cadena de frío. Así, contar con laboratorios cercanos al lugar de la toma de muestra disminuye el riesgo de degradación de la misma, y tener a lo largo de Chile diferentes laboratorios de monitoreo genómico del virus, facilitaría la pesquisa de nuevas variantes que ingresen en el país por pasos fronterizos terrestres”.
